Sinds 2010 heeft de school gebruik gemaakt van lokalen in het Mentrumgebouw dat naast het hoofdgebouw staat. Het huurcontract is door de eigenaar, woningcorporatie Stadgenoot, met ingang van 30 september 2016 opgezegd. De school heeft lange tijd gedacht dat een verlenging van de huur tot de mogelijkheden behoorde. Dat blijkt echter niet mogelijk omdat Stadgenoot in het gebouw woonstudio's wil maken voor statushouders en jonge Amsterdammers.
 
Voor het Huygens College is het bijzonder vervelend dat geen gebruik meer gemaakt kan worden van de extra ruimte in het Mentrumgebouw.  Als oplossing voor het tekort aan lokalen zullen in de huidige aula in het hoofdgebouw vijf lokalen worden gemaakt. De sportzaal op de begane grond zal worden omgebouwd tot aula. Er zal een nieuwe sportruimte worden gebouwd op een deel van het schoolplein. Het is de bedoeling dat het dak van de nieuwbouw gebruikt kan worden als buitenruimte. Daarbij wordt gedacht aan een sportveld dat in pauzes en tijdens buitensportlessen gebruikt kan worden.
 
Voor de nieuwbouw zijn vergunningen nodig. Op dit moment is het daarom nog niet duidelijk wanneer met de bouw begonnen kan worden. Totdat de nieuwbouw klaar is, zal in de onderbouw het aantal lessen LO mogelijk worden verminderd. Voor de dans- en dramalessen zoekt de school een geschikte tijdelijke locatie in de buurt van de school.